根據社會保險法的規定，下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付范圍：
（一）應當從工傷保險基金中支付的
工傷保險是社會保險體系中立法最完善、制度最成熟、模式最統一的一項制度，也是世界上最早產生和最早進行國家立法的一項社會保險，其通過由職工所在的用人單位繳納保險費的方式建立工傷保險基金，保障職工在受工傷時得到及時救治，并享受其他工傷保險待遇。
工傷保險待遇針對傷殘對象的不同，大體可分為四類：即工傷醫療康復待遇、輔助器具配置待遇、傷殘待遇和死亡待遇。在工傷醫療康復待遇中，治療工傷所需的掛號費、醫療康復費、藥費、住院費等費用符合工傷保險診療項目目錄、工傷保險藥品目錄、工傷保險住院服務標準的，從工傷保險基金中支付。
為避免上述范圍內的醫療費用支付與職工基本醫療保險基金支付的范圍產生交叉，本條明確規定工傷職工因治療工傷所需支付的醫療費用，凡是按照上述規定應當由工傷保險基金支付的，基本醫療保險基金不予支付。
（二）應當由第三人負擔的
這主要是指由于第三人侵權，導致參保人員的人身受到傷害而產生的醫療費用。如參保人員被第三人打傷而入院治療，由此產生的醫療費用，按照我國民法通則、侵權責任法等的規定，應由侵權人負擔，基本醫療保險基金不予支付。如果此種情況下，侵權人（第三人）不支付該參保人員的醫療費，或者因侵權人逃逸等無法確定侵權人是誰的，為了保證受害的參保人員能夠獲得及時的醫療救治，由基本醫療保險基金先行支付該參保人員的醫療費用。
基本醫療保險基金先行支付后，醫療保險經辦機構從受害的參保人員那里取得代位追償權，有權向第三人，即侵權人就其應當支付的醫療費用進行追償。
應當指出二點：一是這里規定的“第三人”既包括自然人，也包括法人或者其他組織；二是這里規定的“第三人不支付”的情形既包括第三人有能力支付而拒不支付的，也包括第三人沒有能力而不能支付或者不能立即支付的。
（三）應當由公共衛生負擔的
公共衛生是指政府組織全社會共同努力，改善社會衛生條件，預防控制傳染病和其他疾病流行，培養良好衛生習慣和文明生活方式，達到預防疾病、促進人民群眾身體健康所提供的醫療服務。
公共衛生關系人民群眾整體利益，主要由政府提供。政府應當向公民提供的基本公共衛生服務包括：計劃免疫、婦幼保健、應急救治、采供血以及傳染病、慢性病、地方病的預防控制等。我國現階段的基本公共衛生服務，主要是由國家在上述范圍內確定若干服務項目，免費向城鄉居民提供。國家基本公共衛生服務項目所需費用納入政府預算安排。
基本公共衛生服務的內容是根據居民的健康需要和政府的財政承受能力確定的。在保障國家確定的基本公共衛生服務均等化（即每個公民都能平等地獲得）的基礎上，鼓勵地方政府根據當地經濟水平和突出的公共衛生問題，適當增加基本公共衛生服務內容。
目前，我國已經把一些突發公共衛生事件，如非典型肺炎等的應急救治費用納入基本公共衛生服務的范圍。此外，在一些危害比較大的傳染病的防治工作中，對一些特定病人的治療也列入基本公共衛生服務的范圍。例如，根據《艾滋病防治條例》的規定，對農村艾滋病病人和城鎮經濟困難的艾滋病病人，由政府免費提供抗艾滋病病毒治療藥品。
因此，凡是現階段基本公共衛生服務能向公眾免費提供的項目，不作為基本醫療保險基金支付的范圍。
（四）在境外就醫的
改革開放以來，中國公民大量走出國門，旅游、探親、學習培訓、從事商務活動等。這些公民雖然參加了基本醫療保險，其在境外就醫發生的醫療費用，基本醫療保險基金也不予支付，可以通過參加所在國的醫療保險或者購買商業保險的方式予以解決。
現在不少國家均要求外國人入境居留三個月以上的，必須購買商業醫療保險，用以支付可能發生的醫療費用。
因此，參保人員在境外就醫發生的醫療費用，可以通過購買商業保險的方式予以支付。這里所說的“境外”包括我國大陸以外的其他國家，以及香港、澳門特別行政區和臺灣地區。
上述四項醫療費用，即使符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目和醫療服務設施標準的要求，也不納入基本醫療保險基金支付的范圍。
